小御嶽は富士山より先に出現した山で、小御嶽と古富士の二つの山を土台に噴火を繰り返し、形作られたのが現在の富士山です。その小御嶽の山頂で山岳信仰の霊地である富士山五合目に承平7年(937)に鎮座、創建されたのが冨士山小御嶽神社です。祭神として磐長姫命を祀り、富士信仰の中心の大神として崇敬を集めます。

後花園天皇康正2年(1465)に社殿を造営。富士山小御嶽石尊大権現、富士山中宮、富士天狗宮とも称され、富士登山者の守護神です。往古より、お中道巡り、富士山頂へ至る行程の拠点として富士行者が参籠して大行となしました。

富士山の五合目周辺は「天狗の庭」と呼ばれ、道開きの神として7月1日の富士山開山祭では大天狗、小天狗が先立ち、鳥居に張られた鳥居に張られた注連縄切りを行い、道開をして、御輿の渡御をして登山の安全を祈願します。天狗は神社の御眷属とされ、小御嶽古太郎坊正真と呼ばれております。

拝殿の天井には富士講の信者が奉納した額が敷き詰められ、境内の日本武尊社は日本武尊を祀り、寄進された恵比寿像、大黒像も祀られています。御神徳は関東地方並びに全国より多くの崇敬者を有し、富士登拝者の家運隆昌、交通安全、延命長寿、縁結びの守護神として崇敬されています。