御創建の年代は定かではありませんが、初めて史書にみえるのは「続日本後記」で、仁明天皇承和4年(837)8月の条に「日向国子湯郡妻神、官社に預かる」とあり、また、「三代実録」の天安2年(858)の条にも神階昇格の記載があります。更に平安時代初期に編纂された延喜式神名帳には、日向国四座の内、児湯郡二座として、都農神社とともに都萬神社が記載され、日向二之宮の式内社とされています。中世から近世にかけ、当地方を治めた伊東氏、島津氏ともに供田を献じ、社領を安堵するなど尊崇の誠を示しました。明治6年(1873)に県社に列せられ、明治40年(1907)には神饌幣帛料供進指定を受けるなど古来からの尊崇は明治以降も衰えていません。

御祭神の木花開耶姫命は天孫の瓊瓊杵命に縫初川で見初められ、事勝国勝長狭神（ことかつくにかつながさのかみ）の仲人により日本最初の結婚式を挙げたとされています。7月7日に行われる七夕祭りでは、その古事を由来とする特殊神事の更衣祭が執り行われ、婚礼衣装を木花開耶姫命の神像にお着せし、白粉や口紅でお化粧、角隠しの御被衣（おかつき）を飾り付け、花嫁姿になられる有様を行っています。

木花開耶姫命は3人の皇子を出産され、立派にお育てになったことから、縁結び、安産、子育てと女性に縁の深い御神徳があるとされ、地元では「妻萬様（さいまんさま）」とも呼ばれ親しまれています。木花開耶姫命は3人の皇子を育てるのにお乳の代わりに甘酒の天甜酒（あめのたむざけ）を与えたという伝承から日本清酒発祥の地の碑も立てられています。

また、西都原御陵参考地の正面にある女狭穂塚 はこの神社の祭神木花咲耶姫の御陵と伝えられています。