山中諏訪神社の奥宮は山中湖東岸に位置する1291mの明神山(鉄砲木ノ頭)の頂上、山中湖パノラマ台から30分ほど登った地に鎮座しています。

古文書では、往昔、明神山頂に小祠を祀るとあり、これが現在の御所に鎮座する諏訪神社奥宮とされています。 天保12年(1841)、甲斐国都留郡平野村の名主であった長田勝之進は、相模国小田原城主の大久保加賀守と検地の際、甲斐国の為に土地拡張を企画して、現存の明神山頂より山北町の明神峠に奥宮を変遷しました。後、神社関係者及び山中の有志諸彦が、鎮座地の真相を認めて、現在地に諏訪神社奥宮として再建されました。

「山中明神安産祭り」として知られる山中湖畔の里宮の例大祭の前、9月1日に例祭「奥宮祭」が執り行われています。